OS X(OS X El Capitan 10.11.5)でアプリ起動がとても遅い時がある。
PhpStorm(2016.01)を起動すると、3分ほど待つ場合があった。
OS Xのアクティビティモニタで確認すると、ウイルス対策ソフト(AVG AntiVirus)がなにか処理をやっているようだ。

os_x_activity_monitor

とりあえず、ウイルス対策ソフト(AVG AntiVirus)のRealTimeProtectionをOFFにしてみたところ、PhpStormはすぐ起動するようになった。
AVG Antivirus

Preference - Exceptions でどこかのフォルダを除外すると良いのかもしれないが、そのうち調べてみよう。